Python sur pyrene

Cette page donne quelques éléments spécifiques à l'utilisation de python sur la machine pyrene de l'Université de Pau et des Pays de l'Adour.

Pour une installation personnelle de python, reportez vous aux exécutables disponnibles sur le site officiel de python. De nombreux paquets python sont disponnibles par défaut dans les dépôts de la plupart des distributions linux. Python mais également à disposition sont propre dépôt de modules : PyPi. L'installation se fait via la commande pip3. L'utilisation de python3 est recommandée.

Utilisation sur pyrene

Comme sur toute distribution linux, python est disponnible par défaut.

# pyuser@pyrene <~/here> python
Python 2.6.6 (r266:84292, Jul 22 2015, 16:47:47)
[GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-16)] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>>

Sur pyrene, modules environnement python sont disponnibles et permettent de choisir une version.

# pyuser@pyrene <~> module avail python

---------- /opt/cluster/modulefiles ---------
python/2.7.9 python/3.5.1/gcc/4.4.7 python/3.5.1/gcc/5.1.0

Il est recommandé de choisir python3 et donc de charger le module correspondant python/3.5.1 (par défaut le module chargé est python/3.5.1/gcc/5.1.0):

# pyuser@pyrene <~/here/> module load python/3.5.1
# pyuser@pyrene <~/here/> python3
Python 3.5.1 (default, Jun 23 2016, 11:56:17)
[GCC 5.1.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>>

Prompt amélioré

Pour utiliser python dans un prompt plus convivial, on pourra utiliser ipython3 ou la nouvelle version du projet : jupyter console.

# pyuser@pyrene <~/here/> ipython3
Python 3.5.1 (default, Jun 23 2016, 11:56:17)
Type "copyright", "credits" or "license" for more information.

IPython 5.0.0 -- An enhanced Interactive Python.
?         -> Introduction and overview of IPython's features.
%quickref -> Quick reference.
help      -> Python's own help system.
object?   -> Details about 'object', use 'object??' for extra details.

In [1]:

ou

# pyuser@pyrene <~/here/> jupyter console
Jupyter console 5.0.0

Python 3.5.1 (default, Jun 23 2016, 11:56:17)
Type "copyright", "credits" or "license" for more information.

IPython 5.0.0 -- An enhanced Interactive Python.
?         -> Introduction and overview of IPython's features.
%quickref -> Quick reference.
help      -> Python's own help system.
object?   -> Details about 'object', use 'object??' for extra details.

In [1]:

Faites Ctrl+D pour quitter.

Il est également possible d'utiliser un notebook avec la commande jupyter notebook. C'est ce que nous priviligierons pour la formation.

ATTENTION : On rappelle que sur pyrene, le temps d'exécution d'un programme est limité à 20min ! Pour une utilisation plus longue du prompt ou d'un notebook et pour ne pas surcharger le serveur frontal, pour des traitements lourd, il est conseiller de travailler dans une session interactive avec salloc, par exemple, pour une session de 4h :

# pyuser@pyrene <~> salloc --time=04:00:00
salloc: Granted job allocation 579381
srun: Job step created
# pyuser@dnas-node31 <~>